台灣中醫藥的發展經歷了從巫醫到民間醫藥,再到中醫藥,及至今日的中、西醫藥共同發展的歷程。
明代以前,台灣素有“瘴疫之區”之稱。中醫藥從大陸傳入台灣,文獻記載最早是明末清初年間。隨著造船業和航海技術的發展,明清以後,台灣有了越來越多的大陸移民。1887年,台灣的漢族人口已達300多萬,比原住民多20多倍,他們帶去了中原文化,辦學堂,兼習醫施藥,還發掘了不少當地的中草藥。張炳楠在《台灣通志》中指出“土著族向無醫藥……與漢人接觸,始知藥效”。清朝同治年間(1862~1874),西洋醫學由外國傳教士傳入台灣。到了日據時期(1895~1945),西醫大量傳入台灣,作為文化侵略的一部分,東洋醫學也開始傳入,使中醫藥受到遏制。日本投降時,台灣持有中醫師許可證者僅數十人。
20世紀50年代,台灣中醫藥界經歷了“救亡圖存”的掙扎階段。這一時期,台灣出現了第一所,也是至今唯一的一所中醫藥院校——私立台灣“中國醫藥學院”。該校由覃勤、陳固、陳恭炎等人於1955年策劃,1958年10月開始招生,畢業生多數改行西醫。70年代以後,“中醫熱”在全球興起,天然藥物、自然療法、中醫針灸日益受到世界各國的重視,台灣中醫藥選擇了一元化的發展道路。培養兼通中醫學的優秀醫師,促進中醫藥現代化,創造世界最新醫學。中醫藥事業進入了穩定發展的階段。